Historia szkoły w Czerlejnie jest bardzo długa, ponieważ rozpoczyna się w roku 1834. Powstała wówczas szkółka parafialna, do której uczęszczało 117 dzieci katolickich i 3 protestanckie. Do obwodu szkolnego należało Czerlejno, Czerlejnko, Mikuszyn, Klony i Sokolniki Klonowskie. W roku 1886 odłączyły się Klony i Sokolniki, a w roku 1911 usamodzielniło się Czerlejnko. Pierwsi nauczyciele to m.in. Antoni Wadeński, Szpotański, Dąbrowski, czy Chyliński. Ciekawym rokiem dla życia ówczesnej szkoły był rok 1923. W dniu 15 września dzieci szkolne wraz z mieszkańcami Czerlejna i innych okolicznych wsi, witały premiera RP Wincentego Witosa. Bardzo niecodzienną akcją, z naszego punktu widzenia, było przeprowadzenie  na terenie szkoły zbiórki pieniędzy na pomoc dla biednych dzieci w Japonii. Zebrano 350 tysięcy marek polskich.
       Po wybuchu II wojny światowej zajęcia w szkole zawieszono, a w budynku szkolnym urządzono obóz pracy rolnej dla dziewcząt niemieckich. W dniu 20 stycznia 1945 roku  Armia Czerwona wyzwoliła Czerlejno. Niestety, budynek szkolny był w opłakanym stanie, dlatego dzieci z Czerlejna skierowano do szkoły w Czerlejnku. Inauguracja nauki w Czerlejnie, dla 54 uczniów,  nastąpiła dopiero 5 września 1945 roku. W 1946 roku, po likwidacji szkoły w Czerlejnku, do Czerlejna uczęszczało już 94 dzieci i było dwóch (!) nauczycieli. W roku 1949, po rozparcelowaniu majątku, przeniesiono szkołę do budynku pałacu. Nastąpił okres bardzo pieczołowicie przygotowywanych uroczystości szkolnych. Na rozpoczęciu roku szkolnego 1950/51 byli obecni członkowie komitetu rodzicielskiego w pełnym składzie, przedstawiciele miejscowych organizacji polityczno- społecznych, a po licznych przemówieniach i programie artystycznym przedstawiciel młodzieży odczytał zobowiązania uczniowskie na nowy rok szkolny. Całość kończyło odsłuchanie radiowego przemówienia ministra oświaty, ponieważ szkoła posiadała już jeden odbiornik radiowy. Raz w miesiącu przyjeżdżał też do szkoły operator filmowy z urządzeniem do odtwarzania filmu. Bardzo ważną była coroczna akademia z okazji rocznicy wybuchu  rewolucji październikowej. Wielkim świętem były także rocznice urodzin Józefa Stalina ( „…wielkiego myśliciela, wielkiego wodza światowego pokoju, demokracji i postępu”- cytat z kroniki szkoły ). I jak to bywa w szkole, wówczas także były problemy z wynikami w nauce. Dla ich poprawy, na naradzie w lutym 1950 roku, m.in. komitet rodzicielski powołał tzw. „Lotne Brygady”, celem zbadania przyczyn zaniedbywania się niektórych uczniów w nauce i zbadania warunków pracy domowej tych uczniów. W roku 1951 odbyła się pierwsza po wojnie wycieczka do Warszawy. W tym też roku powstała drużyna harcerska. Ważnym zdarzeniem była także śmierć ucznia czwartej klasy na chorobę zakaźną –Heine-Medina. Zajęcia szkolne przerwano na dwa tygodnie, a szkoła przeszła szczegółowe odkażenie. Oczywiście władze informowały, że choroba ta przeniesiona została z Ameryki. W tym okresie uczniowie często musieli brać udział w tzw. czynach społecznych. Np. z okazji 60 rocznicy urodzin prezydenta Bieruta uczniowie zobowiązali się do pomocy przy odchwaszczaniu pól w PGR-rze. Wielkim świętem dla uczniów był udział w pochodzie pierwszomajowym w Kostrzynie, na który dzieci jechały traktorem. Uroczyście obchodzono także Dzień Wojska Polskiego. Akademie z tego powodu zawsze zaszczycali oficerowie LWP wygłaszający okolicznościowe przemówienia. Od dnia 1 kwietnia 1953 roku został zatrudniony na stanowisku kierownika szkoły Antoni Wentura. To za jego długiej kadencji prężną działalność rozwinęła m.in. drużyna harcerska, Spółdzielnia Uczniowska i komitet rodzicielski. W 1983 roku, z inicjatywy nauczyciela Pawła Kubiaka, powstało Szkolne Koło Turystyczno-Krajoznawcze. Dzięki pomocy gminy, młodzież poznawała Wielkopolskę i cały kraj biorąc udział w wielu rajdach turystycznych i wycieczkach. Wkrótce powstało koło dziennikarskie, które wydawało drukiem miesięcznik: „Kleksik”. W latach osiemdziesiątych powstał pomysł budowy nowego budynku szkolnego. Pierwotnie miał on powstać w parku, nieopodal pałacu, siedziby dotychczasowej szkoły. Rozpoczęto nawet przywóz materiałów budowlanych. Wkrótce jednak, dzięki pozyskaniu nowego terenu padł pomysł budowy szkoły w zupełnie nowym miejscu. W 1993 roku rozpoczęła się budowa, bardzo nowoczesnego architektonicznie  budynku, który 17 czerwca 1994 roku oddany został do użytku. Burmistrzem Gminy był wówczas Marian Markiewicz, a dyrektorem szkoły Józef Kawała. Obiekt prezentował się przepięknie i stał się wizytówką gminy. Wkrótce po tym wydarzeniu dotychczasowy dyrektor Józef Kawała został zastępcą burmistrza, a od 20 kwietnia 1996 roku dyrektorem szkoły został Paweł Kubiak. Dzięki owocnej współpracy z gminnym kołem PSL, w dniu 14 października 1997 roku szkole nadano imię Wincentego Witosa. Kulminacyjnym momentem uroczystości było odsłonięcie tablicy pamiątkowej z portretem Witosa. Odsłonięcia dokonał wicewojewoda poznański Wojciech Jankowiak, burmistrz Kostrzyna Witold Siwiński i poseł Stanisław Kalemba. Nowy budynek spowodował nowe możliwości działalności szkoły. Wkrótce powstał pierwszy w gminie Uczniowski Klub Sportowy. Klub rozwinął przede wszystkim sekcję badmintona. Po kilku latach klub dołączył do czołówki wojewódzkiej w tej ciekawej dyscyplinie sportowej. Powstała także nowoczesna sala komputerowa. Dzięki dotacji z Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa ( pierwszy taki przypadek w kraju ) szkoła otrzymała komplet nowoczesnych zestawów komputerowych. W 1999 roku powstała tradycja organizowania corocznych festynów dla dzieci niepełnosprawnych „Razem łatwiej”. Przyjeżdżały dzieci pokrzywdzone przez los z całego powiatu poznańskiego. W 2000 roku odbył się pierwszy halowy turniej piłki nożnej sołtysów o puchar dyrektora szkoły. Szkoła prowadziła wymianę ze szkołą z Marcinkowic k. Nowego Sącza. Dzięki tej wymianie młodzież poznawała nowych kolegów i koleżanki, a także odbyła liczne wycieczki krajowe i zagraniczne. W dniu 28 września 2001, poświęceniem przez proboszcza Andrzeja Stefańskiego, uroczyście otwarto boisko szkolne, które rok później nazwane zostało, w obecności przedstawicieli Ambasady Stanów Zjednoczonych w Polsce imieniem „11 września 2001 roku”. Po sekcji badmintona w szkole rozwinęła się sekcja szachowa. Prowadzona przez Piotra Smolińskiego wkrótce stała się liczącym w województwie klubem. W 2002 roku szkoła gości wielką osobowość telewizyjną – Grażynę Torbicką. Spotkanie z tak wielką gwiazdą, a jednocześnie tak miłą i skromną osobą było wielkim przeżyciem dla całej społeczności szkolnej. W 2003 roku szkoła otrzymuje, dzięki inicjatywie Mieczysława Toboły, prezesa gminnego koła PSL, sztandar. Uroczystość przekazania sztandaru uświetnił prezes NK PSL, były wicepremier i minister rolnictwa Jarosław Kalinowski. Po Józefie Kawale, w 2002 roku, kolejny nauczyciel szkoły w Czerlejnie przechodzi do pracy w Urzędzie Gminy w Kostrzynie na stanowisko burmistrza, a mianowicie Paweł Iwański.
       Po przeprowadzeniu reformy oświaty z 1999 roku, od 1 września 2003 r. w Czerlejnie powstaje zespół szkół, w skład którego weszła szkoła podstawowa i gimnazjum. Konkurs na dyrektora wygrał  Paweł Kubiak. Do obwodu szkoły należały miejscowości: Czerlejno, Czerlejnko, Klony, Węgierskie, Ługowiny i Trzek. Dzieci z odleglejszych wsi odtąd dowozi autobus szkolny. Szkoła organizuje liczne konkursy gminne, jak: matematyczno-geograficzny, języka angielskiego, matematyczny klas trzecich. Młodzież korzysta z programów unijnych, jak np. „Zagrajmy o sukces’, „Warsztaty Smaku - Zmysłowa podróż”, „Trzymaj formę”, „Owoce w szkole”, czy „Mleko w szkole”. Na terenie szkoły jest plac zabaw, parking dla rowerów, w szkole działa całodobowy monitoring. Szkoła współpracuje z Parafią w Czerlejnie, okolicznymi sołectwami, Ośrodkiem Pomocy Społecznej w Kostrzynie, Zarządem Gminnym PSL i innymi instytucjami. Na terenie szkoły działa sklepik szkolny, liczne koła zainteresowań, Uczniowski Klub Sportowy, świetlica popołudniowa. Od września 2013 roku dyrektorem szkoły jest Pan Zbigniew Bukowski.
                                                                                                                                                  P.Kubiak